新生兒腦炎有后遺癥。兒童腦炎總體病死率約為10%左右，高達50%的患者會經歷一個短期的意識或者活動障礙。20%兒童腦炎會遺留嚴重的后遺癥。目前對于腦炎的遠期預后特點了解相對較少，神經及認知后遺癥可能被低估了。通常說的小嬰兒，就是新生兒腦炎，將來可能會出現腦積水，合并腦性癱瘓、運動障礙、語言障礙、智力低下、癲癇這些后遺癥，所以兒童患上腦炎之后，要定期進行復查、隨訪，神經內科大夫會推薦去神經康復科進行康復評定。要注意觀察患兒的語言、智力運動方面情況，及時預防并發癥、后遺癥的發生。