腦積水的內鏡手術常見并發癥有出血、感染等常見癥狀，除此之外，因其為內鏡操作，需要進行三腦室底造瘺，故可影響患者的下丘腦，輕者可出現尿崩癥，嚴重者恐導致育齡期的患者不孕不育。此外，還可能影響男性患者的性欲，影響其生育能力。內鏡手術短期內對腦積水癥狀有所緩解，但隨著時間延長，效果越發不明顯，一部分患者最終仍需接受腦室腹腔分流術。