神經內鏡治療腦積水最主要的適應癥還是梗阻性腦積水，交通性腦積水不主張用神經內鏡手術做治療。神經內鏡治療梗阻性腦積水是把梗阻的區域打通，但是更多的情況是需要通過神經內鏡人為的重新建造通路，通路在第三腦室底部，稱為內鏡下的第三腦室造瘺術，讓整個腦室系統形成循環，用以治療腦積水，是多見的梗阻性腦積水。 還有一部分腦積水是因感染或者做過手術之后創面比較大，甚至局部有腦軟化，形成多囊性結構，結構之間不相通，導致顱內出現多囊性結構造成腦積水。這種腦積水有可能就是梗阻和交通摻雜在一起，內鏡手術就是將原本不相通的多囊結構打通，變成統一的囊，而且一定要與正常人的生理腦脊液循環，就是正常腦室系統進行很好的溝通，溝通之后在大的系統里面再放一個管子做腹腔分流手術。內鏡腦積水的治療就是做完內鏡之后同時把管子放好再做分流，就是傳統的腦室、腹腔分流手術。