感染為腦積水內鏡手術較嚴重的并發癥之一。因內鏡手術中，內鏡是直接進入到腦室內部，故顱內感染表現為腦室炎，即室管膜炎。在明確病原菌的情況下，需進行局部的腦室引流或凈化腦脊液，再結合患者全身的靜脈抗生素，根據藥敏結果進行針對性的抗感染治療，其治療的時間一般較長，大概需2-3個月或更長時間，通過特色治療后，效果較為肯定。