抗結核藥物異煙肼、利福平常見不良反應為藥物性肝臟損傷、腎功能損傷、白細胞與血小板減少、藥物熱以及藥物性皮炎等。可引起部分患者產生周圍神經病變，即手指發麻、腳發麻，嚴重者還可導致視神經炎。 吡嗪酰胺除引起肝臟損傷外，還可引起胃腸道反應及痛風發作，因此，吡嗪酰胺治療時要求低嘌呤飲食，需多飲水促進藥物排泄。鏈霉素、阿米卡星可造成聽力損傷。 喹諾酮類藥物最常見副作用為心臟損傷。部分患者可出現骨關節損傷，出現關節疼痛甚至跟腱斷裂等副反應。