治療肺結核藥物的最主要的副作用為肝腎功能的障礙，每一種藥物具體又有不同。比如異煙肼，常用的異煙肼，最容易引起轉氨酶的升高、黃疸；對于老年患者和年齡比較小的患者容易引起神經炎，比如乙胺丁醇可能會引起視神經損害、視野縮小；吡嗪酰胺對肝臟的損害也毒性比較大；左氧氟沙星是比較新的用于抗結核的藥物，對肝腎都有一定的損害。另外會引起神經系統的障礙，部分會引起肌腱的損害。