頭部核磁共振檢查多數人會有不適，通常是因為該檢查噪音巨大而造成，一般需佩戴耳塞，以減少對人體的影響。多數患者可順利進行磁共振檢查，少數膽小、緊張的患者恐懼磁共振檢查，無法適應，可能與個人的心理素質有關，建議該類患者調整心態。 此外，造影劑過敏的發生率較小，可能為幾十萬分之一，且醫療機構一般具備相應的應急方案，如患者出現過敏現象，通常可獲得及時治療。