簡單先心病手術預后良好，患兒的壽命及生活質量與正常孩子無異； 復雜先心病中，大部分患兒手術后與簡單先心病一樣，預后良好； 部分畸形較為嚴重的患兒，手術后身體狀況較正常人差，如法洛四聯癥患兒手術后，右心功能不如常人，或影響遠期生活質量，或需要二次手術干預； 如部分瓣膜患兒，在行瓣膜成形術后往往不能治愈，或面臨心臟移植風險，甚或機械輔助。 總而言之，98%患兒手術后可恢復良好。