若先天性心臟病患者出現低燒的癥狀，如體溫略高于38℃，則問題較小；若患者體溫達到39-40℃，且出現其他的癥狀，如寒顫、發抖，則需引起重視。患者出現發熱癥狀，則提示細菌已進入患者血液，繼而進入心臟畸形部位，可能引起感染，導致感染性心內膜炎，危害程度較大，通常需使用2-3種較強的抗生素進行治療，若抗生素治療無效，則需到心臟外科就診，將引起感染的部位切除，更換為新的沒有細菌的結構。