先天性心臟病患者，在咨詢專業的醫生后，可以考慮選擇藥物治療。藥物治療主要包括改善心臟功能的治療，因為隨著年齡的增長，疾病的發展，較多先天性心臟病患者的心臟功能降低，此時通常可選用強心性的藥物，如地高辛，還可使用改善心臟功能的藥物，如呋塞米利尿劑；部分患者合并心跳加快癥狀，此時可采用減慢心率的藥物，如倍他洛克；還有部分患者因心臟結構畸形，較易形成血栓，所以需使用預防血栓的藥物，如阿司匹林、華法林。