大部分得了抑郁癥的患者，都會擔心藥物治療的副作用。實際上，新型抗抑郁藥物的副作用較少，部分患者會出現消化道癥狀，如惡心、嘔吐、腹瀉、便秘等；部分患者早期服藥出現激惹及焦慮加重的癥狀；部分患者早期出現睡眠質量差的表現，一般經過一周后會逐漸消失；部分抗抑郁藥會對心臟有影響，醫生一般會監測心電圖后，再給患者服用這類藥物；部分藥物會引起患者體重增加、嗜睡，正因為這些副作用，可以幫助部分患者改善體重及睡眠不好的癥狀，所以總體來講，抗抑郁藥相對較安全。