全麻對兒童主要的不良影響為腦部影響，但患兒在麻醉過程中只要不缺氧，則麻藥對其腦部的影響可忽略不計。部分藥物本身存在副作用，可能會對患兒的肝臟、腎臟、心臟等臟器造成不良影響，必須使用時可采取小劑量，分次用的方式，以減少損害。臨床中，時間較短的小手術，應避免使用副作用較大的藥物，進行較為復雜的手術時，如先心病手術時，需選擇性的使用對小兒影響較小的藥物。