肛周膿腫的形成多跟直腸相關的組織感染后出現化膿有關，此感染包括細菌性感染與特殊性感染。特殊性感染如結核桿菌感染引起肛周膿腫，目前較少的炎性腸病也可引起肛周膿腫。醫學上將肛周膿腫分為內源性與非內源性的肛周膿腫，即腺源性與非腺源性。細菌性感染引起的肛周膿腫首先需切開排膿，抗感染治療；結核性或其它炎性腸病引起的膿腫采取相應的其它治療手段。