肛周膿腫的成因主要是肛腺感染，通常感染是細菌感染。由于腸道內有大量細菌，當患者免疫力低下時，細菌可能沿著肛腺發生肛周感染，感染以后沿著肛腺的走行會引起肛周膿腫。除了最常見的細菌引起肛腺感染，外傷以后引起的肛周感染，也稱為肛周感染。另外還有炎癥性疾病，如克隆氏病的感染，也可能會出現于肛門周圍的竇道，從而引起肛周感染。另外肛周膿腫的感染，需要跟肛周皮脂腺囊腫的感染以及癤癰的感染進行區別，雖然均是由細菌感染引起，但是發病機理不完全相同。通常對于肛周膿腫，僅可通過手術治療達到完全治愈。