腎囊腫如果逐漸增大，通過B超隨訪觀察，發現直徑在5cm以上，通常需要臨床進行干預，如手術治療。如果腎囊腫正好長在腎盂旁，呈腎盂旁囊腫，有時候即使直徑不足5cm，但因為生長的范圍有限，也會壓迫到腎盂造成腎盂積水，這時候也需要進行處理。 如果腎囊腫位置長在腎皮質，凸出方向向腎外，一般選擇腹腔鏡手術，做去頂減壓術，在囊腫的表面開比較大的窗口讓囊液流出來，囊液會被腎周的脂肪組織所吸收，從而囊壁整個會塌陷。腎盂旁囊腫目前可以通過輸尿管軟鏡，做輸尿管軟鏡的內引流，透過腎盂看到囊腫，通過鈥激光的方式開通道，囊液通過腎盂得到引流，這也是微創的方法。