多囊腎處理相對比較棘手，因為多囊腎發展最終會使整個腎功能退化，即尿毒癥，雙側腎臟均無功能，后續需通過血透維持腎功能。 多囊腎發展到一定程度時，可通過微創手術進行多囊腎腹腔鏡下囊性去頂減壓，可減少囊性張力，對正常腎功能的保護達到最大化，使腎囊腫對腎實質的壓迫盡可能降到最小。如果多囊腎囊腫過多，給予治療半年至1年后，囊腫仍會出現，此時去頂減壓為姑息治療手段，對整個病情保護、腎功能損傷保護具有一定效果。主要目的是延緩腎臟損害，使腎功能得到最大化的保護。 多發性腎囊腫跟單純性腎囊腫概念不同。單純性腎囊腫指一側腎臟僅有5-6cm的囊腫，多發性腎囊腫是一側腎臟中有多個單純性囊腫，多發性腎囊腫一般都是良性病變。另外一種特殊情況是臨床比較常見的多囊腎，為家族遺傳性疾病，囊腫數目相當多，雙腎都有囊腫，并且囊腫布滿整個腎臟。