治療腎囊腫的方法有很多種，包括觀察、穿刺硬化、手術切除，治療腎囊腫沒有最好的方法，只有最適合的方法。根據不同的年齡段、腎囊腫大小、生長速度以及心理、性格及個人要求采取不同的治療方法，有部分病人的腎囊腫很小，但是心理影響很大，病人要求處理腎囊腫時，臨床醫生也會對腎囊腫進行處理。而有些腎囊腫很大，但沒有任何癥狀且病人年齡偏大，仍然可以采取觀察的手段。如果腎囊腫影響到生活質量或者引起不適、腎囊腫的大小在6cm以上或囊腫長得很快，都要積極處理。部分小孩、高齡或沒有任何臨床癥狀的病人，觀察就是最好的方法，不一定要采取外科干預，要根據病人的情況、醫生把握疾病診斷的情況、治療手段來決定正確的方法。