肺栓塞的病因不同預后也不同。因長途旅行、手術、外傷等因素發病的患者，去除誘發因素，肺栓塞治愈后通常不再復發；先天性蛋白C、蛋白S缺乏不能糾正，治愈后容易復發。無慢性血栓栓塞性肺動脈高壓的患者，半年后肺強化CT顯示血栓完全溶解，各項生命體征恢復，可以認為患者痊愈。但是高齡患者、合并房顫或其他疾病的患者，治愈難度大，即使治愈也容易復發。