臨床上，腦脊液化驗檢查是一項重要的檢查，通常包括腦脊液生化、腦脊液常規和普通細菌培養。 腦脊液生化主要檢查腦脊液內糖、蛋白以及氯化物的含量；腦脊液常規主要檢查腦脊液的外觀、細胞數等；腦脊液內免疫學檢查適用于檢測腦脊液內是否有寄生蟲感染。 另外，還有專門針對特殊細菌的檢查，如可以通過擴增DNA或RNA檢查是否有結核菌相應感染等。