急性腎盂腎炎患者可主要服用針對革蘭氏陰性桿菌的藥物，如頭孢、青霉素或喹諾酮類藥物。尿路感染分為上尿路感染與下尿路感染，腎盂腎炎是上尿路感染的類型之一。腎盂腎炎的感染途徑包括上行感染、血行感染及淋巴感染，約80%腎盂腎炎由上行性感染所致，上行性感染的細菌多數為革蘭氏陰性桿菌，其中，大腸桿菌最為多見，患者可主要針對革蘭氏陰性桿菌進行治療。對腎盂腎炎患者進行治療前，一般應首先進行尿液培養，以篩選敏感藥物。