急性腎盂腎炎治療不徹底，約有一半以上的患者會演變成慢性腎盂腎炎。而反復發作的腎盂腎炎會造成腎外形凹凸不平，雙腎大小不一，腎盂、腎盞變形縮窄，持續性腎小管功能損害，甚至發展為慢性腎功能衰竭。急性腎盂腎炎，特別是合并糖尿病、尿路結石、尿路梗阻，會導致病情發展嚴重，出現腎乳頭壞死，表現為寒戰、高熱、劇烈腰痛、腹痛、血尿等。當壞死組織脫出，從尿中排出堵塞輸尿管時，可發生腎絞痛。嚴重的腎盂腎炎擴展為腎周圍膿腫，病情較兇險，可發生高熱甚至休克。