大多數間質瘤可以通過手術切除而治愈，直徑較小者采用內鏡下切除，直徑較大者采用外科手術切除，術后根據腫瘤大小、顯微鏡下細胞核分裂象數量，判定間質瘤的惡性潛能，以及復發、轉移幾率。既往統計資料顯示，間質瘤直徑小于2cm、顯微鏡50個高倍視野下細胞核分裂象小于5個，未發現有復發、轉移，臨床認為屬于達到治愈；腫瘤直徑大、細胞核分裂象數量多，復發轉移幾率相對增高。