結腸間質瘤歸屬于消化道間葉性腫瘤當中的胃腸道間質瘤的范疇，用腫瘤大小、核分裂象計數來判斷危險因素。對于極低危和低危的結腸間質瘤，近似于良性病變的生物學特點，手術后較少出現復發和轉移，預后非常好。手術完整切除后，僅予以定期復查隨訪即可。而對于有中高危風險的患者，有復發和轉移的可能性，但也有大約50%以上的患者生存時間可以超過5年。結腸間質瘤的預后，雖然較胃腸道其它部位的間質瘤預后稍差，但是，及早發現、正規治療可以取得較好的療效。