腸結核治療主要以口服抗結核藥物為主，或輔以營養支持治療。因為結核病屬于慢性消耗性疾病，需取得大量營養支持，才能取得較好預后。如果通過內科保守治療無效，而患者繼發腸梗阻，甚至潰瘍、破潰，引起腹腔穿孔，造成腸之間的瘺道形成，則需進行手術治療。通過將部分病變腸管切除，如果累及到升結腸或結腸部位，可能還要進行右半結腸切除，對于腸梗阻范圍較大，甚至有合并腫瘤，或多發潰瘍，可能會在Ⅰ期進行造瘺，治療2-3個月后，待腹腔膿腫、潰瘍及各方面炎癥消退以后，再進行Ⅱ期腸管還納，或消化道重建。