肛瘺的類型不同，治療的難易程度不同。單純性肛瘺解剖結構較清晰，診斷明確，一次性手術治療，即可治愈；高位復雜性肛瘺治療前需進行臨床分期，即使分期明確，也不能確保一次性治愈。近年來隨著肛瘺術式的改變，藥物質量的提高，治療效果也有明顯提升，95%以上可經一次性手術治愈，5%的患者，因瘺管復雜，需2次或3次分期手術治療，方可治愈。因此，對于肛瘺的治療，應首先明確診斷，其次是及時治療，避免反復發作，由單純性肛瘺變為復雜性肛瘺。