復雜性的肛瘺一次手術治好的成功概率沒有單純性肛瘺的概率高。但是是因人而異，與做手術的大夫的經驗水平相關。經驗豐富的大夫可以一次性將所有的瘺管都檢查清楚，一次性的進行根治。通常情況下成功率為90%，留有余地。因為反復發作一次就會形成一個瘺管，如果反復發作了十幾次，就可能形成很多的支管，支管很微小，有時確實查不清楚，所以有遺漏也是正常現象。復雜性肛瘺手術一定要選好醫生，要選經驗豐富的醫生，將瘺管盡可能的全部發現和檢查出，此時一次性治愈的機會會大大提升。