肛周膿腫手術后是否出現肛瘺須根據術中探查情況決定。該病感染較特殊，起源于肛門腺體感染及肛門部皮膚黏膜缺損、外傷，局部感染擴散至肛周皮膚下，甚至于直腸周圍形成膿腫，需于手術中尋找膿腫來源，避免后期形成肛瘺。人體大約均有6-8個肛門腺體，術中將腺體一并治療，后期出現肛瘺可能性較小；如果感染來源不清，只能進行引流手術，單純將膿液排出，緩解局部紅腫熱痛及發熱等癥狀，術后可能形成肛瘺。