絕大部分肛瘺屬于肛周膿腫引起，肛周膿腫由于肛門周圍發生炎癥，進一步化膿，甚至局部腫脹破潰。肛周膿腫破潰后出現瘺口，通過肛門周圍皮膚和肛門直腸里邊內口相通，炎癥慢慢吸收后，內口和外口繼續相通情況下，會形成肛瘺。 如果肛周膿腫通過消炎對癥處理后，慢慢吸收，腫塊變小，不會形成肛瘺。但是如果腫塊比較大，局部破潰成膿，破口流膿后，外口和肛門直腸里邊內口相通情況下，會形成肛瘺。