隨著生物醫學工程的發展及人們對體外循環的認識，體外循環的并發癥已經大幅度減少，但還是不能完全避免。體外循環的并發癥主要有以下幾個方面：第一個并發癥是出血，體外循環手術在全身抗凝的情況下進行，手術的操作切口較多，對血液系統的影響很大。術后患者出現出血的并發癥，首先要排除外科止血不徹底引起的出血，同時要監測抗凝的一些指標，判斷對抗凝的藥物、肝素的中和是否足夠，是否需要補充。另外，由于體外循環整個過程對凝血因子、血小板的破壞和消耗，使得血液的凝血系統有一定的變化，需要補充血小板及凝血因子。體外循環的第二個并發癥是神經系統的并發癥，神經系統的并發癥比較常見，也可能會比較嚴重，主要是由于體外循環過程中可能會出現的一些微小的氣栓，還有動脈斑塊的脫落以及可能是意外造成的氣體栓塞，輕則造成清醒的延遲或記憶力的部分喪失，重則可能導致昏迷。因此，在整個體外循環手術中需注意做好腦保護，盡量避免意外的發生。