CT檢查和核磁檢查，區別在它們成像原理不同。核磁的成像原理是利用人體的水分子中的氫質子運動，產生的灰階圖像。CT是利用X射線穿透人體，被人體所吸收和穿透力不同，所產生灰階圖像。 這兩種檢查的側重點也不一樣。比如核磁對于軟組織部分的成像比較有優勢。同時它是一個多參數的成像，大家可平時看到的有T1圖加權圖像、T2加權圖像，同時它還可以做多方位的成像； CT成像大部分的時候都就是軸位掃描成像，當然現在CT的掃描層厚和層距都非常薄，所以它也可以做多方位的重建。 在人體中醫學檢查的應用中，像進行肺部檢查的時候，核磁它就沒有CT優越性，在顱腦檢查的時候，核磁檢查比CT就更具有優越性，這就是它們之間的區別。