經過大樣本分析和研究，目前認為第一代出生的試管嬰兒，一般和自然受孕的嬰兒沒有區別。但是做卵胞漿內單精子顯微注射（ICSI）的試管嬰兒，即第二代試管嬰兒，產生的出生缺陷可能是增加的。導致第二代試管嬰兒出生缺陷的原因多種多樣，首先是因為做試管嬰兒，需要用到一個個體化超促排卵的方案，超促排卵的方案會產生超生理劑量的雌激素。試管嬰兒受孕成功后，需要用到比較大劑量的雌孕激素的進行保胎治療，超生理劑量的雌孕激素治療是否會對嬰兒會不會產生影響，存在一定的疑問；試管嬰兒在體外培養胚胎，需要考慮培養液和體內的環境是否有區別，也是需要考慮的；不孕不育夫婦自身的一些生活方式、代謝特點，以及一些代謝性疾病，像胰島素抵抗、糖尿病的前期狀態，也有可能會增加子代的出生缺陷。所以到目前為止，各個研究沒有很好的證據，來分析出生缺陷到底是由哪一類原因所引起的。但是現在有很好的產前篩查，一般經過產前診斷處理以后，可盡量避免有出生缺陷的孩子出生。