試管嬰兒長大后的弊端，目前并不明確。有報道稱試管嬰兒的自閉癥發病率會高，但并不是單純試管造成，還是父母雙方不孕基因造成。從第一例試管嬰兒成功是在1978年英國開始，中國第一例試管嬰兒在1988年開始，這些孩子長到現在，年齡只有20歲左右，所以可能的危害目前并不清楚。從基本的發病狀態看，應在早期發現，剛出生的孩子，試管嬰兒比普通正常受孕的孩子腦癱發病率高，自閉癥發病率高。不能明確自閉癥或腦癱是因試管生產方式造成，還是父母是不孕體質基因影響造成。