即使自然懷孕的夫婦也有2%-3%的可能，生出先天性缺陷的寶寶，即使雙方都很健康，精子和卵子受精為胚胎，生下的寶寶仍有很多無法預知的異常。事實上，不孕夫妻雙方或者單方本身就有可能潛藏著某些先天性的缺陷，只是目前的醫學手段無法檢測明確。因此試管嬰兒相比自然受孕的寶寶容易發生早產，出生體重低。主要的原因是試管嬰兒的寶寶很多是雙胎，而且雙胎本身很容易早產，并且出生的體重偏低。當然也可能存在其它的原因，比如夫婦不孕不育癥的存在，女方內分泌環境的異常，卵巢功能的影響和年齡等。 總之，依靠現代生殖技術出生的寶寶，雖然其先天性異常的比率等于或大于自然受孕生下的寶寶，但是差別甚微。受孕試管寶寶以后，應認真做好產前檢查，憑借超聲檢查、唐氏篩查、羊膜腔穿刺、染色體檢查等。針對多數的異常，均能在產前檢查及時發現。