生過苯丙酮尿癥孩子后，二胎可能還會是苯丙酮尿癥患兒，因為本病屬于常染色體隱性遺傳，即指父母各帶一條正常和異常染色體，且都只帶一條致病基因，因此不發病，但傳給下一代時候，如果將兩條致病染色體都傳給孩子，則會導致其發病，幾率大概是1/4。 如果父母僅把兩條正常染色體遺傳給下一個孩子，則出生后孩子完全正常。但如果爸爸或媽媽一方給將正常染色體，而另一方將致病染色體傳給二胎，會導致小孩攜帶致病基因，但臨床表現正常，不發病，此種情況的概率為1/2。 總之，如果父母本身攜帶有致病基因，則生下苯丙酮尿癥孩子的幾率是1/4，二胎還有1/4幾率生下苯丙酮尿癥患兒，同時生下兩個患苯丙酮尿癥孩子幾率約為1/16。