小兒隱匿性陰莖原因較多，主要是先天性因素，還有后天性因素。先天性因素主要是兩個原因，第一是陰莖內膜發育異常，陰莖內膜有很好的伸縮性，小孩子陰莖內膜增厚、增粗，可導致纖維索帶而失去彈性，陰莖伸縮受限制；第二是陰莖內膜附著異常，陰莖內膜附置于陰莖體前端或者陰莖頸，陰莖外觀可呈錐形。后天性因素比較常見的是包皮環切術后疤痕性狹窄束縛陰莖，不能向前增長。另外一個比較常見的原因肥胖，肥胖兒童恥骨前脂肪特別多，陰莖隱匿于脂肪下，造成陰莖外觀特別短小。如果小孩子隱匿性陰莖是由于先天性陰莖內膜發育異常所致，需要手術切除異常索帶，讓陰莖正常向前發育；如果是因為單純性肥胖導致，以減肥為主。