對于肛門可以通過肛門指診進行檢查，肛門指診方法比較簡單，大約60%的直腸癌可以通過簡單的肛門指診進行檢查。除了肛門指檢這種簡單的檢查方法以外，還可以通過電子肛門鏡、電子直腸鏡或電子結腸鏡進行檢查，特別是電子結腸鏡，除了觀察有無病變以外，還可以進行活檢，明確病變性質，因此現代電子結腸鏡的普及率相當高，在診療環節中也占有相當重要的地位。 當然肛周疾病還可以通過彩超、CT、核磁共振進行檢查，需要根據不同疾病表現的不同癥狀，選擇不同的檢查方法，比如如果是肛門疼痛，這時如果懷疑肛周膿腫或者肛瘺，一般建議用彩超或者是用核磁共振進行檢查。如果以出血為主，也往往建議用電子肛門鏡或者電子直腸鏡、電子結腸鏡進行檢查，對于不同的疾病選擇不同的檢查方法。