肛門鏡檢查是肛腸科醫生一個很重要的檢查手段，是通過比較稍微短的一個鏡子，放到病人的肛門內，而后能在這個肛門鏡下發現出血，甚至于內部是否有感染、是否有竇道的內口，包括有的人食用食物較粗糙，有時候肛門內的異物，也能通過肛門鏡來發現。 現在隨著醫學的發展，肛門鏡和電子類的儀器相結合，目前電子肛門鏡，是比較先進的檢查，如同電子纖維結腸鏡檢查一樣，只不過是它能通過電腦顯示屏，將里面發現的這些肛門息肉，甚至于肛乳頭瘤、痔核的大小、出血的部位，都能很明確的、很直觀的讓病人自己也能看到，所以肛門鏡檢查是肛腸科醫生需要掌握的一個最基本的檢查方法。 還有一個就是肛門鏡檢查有一定的禁忌癥，比如孕婦、肛門裂較嚴重的病人急性發作期，還有肛門膿腫疼的比較嚴重的情況下，如果肛門鏡進入不是較順利，為了使病人的舒適度較好，減輕病人痛苦，肛門鏡不是每一個病人都可以做檢查的。