支氣管鏡技術的發展，對于兒童行纖維支氣管鏡檢查的安全性越來越高，但是支氣管鏡檢查屬于侵入性檢查與治療，可能會出現相應的風險及并發癥。常見的并發癥可能有： 1、麻醉藥過敏，與患兒的體質有關； 2、感染后發熱； 3、氣管痙攣； 4、缺氧、血氧飽和度下降； 5、局部黏膜的出血； 6、窒息； 7、可能重癥肺炎的病人，由于肺部的炎癥比較重，可能引起氣胸或者縱膈氣腫的發生，但是，總體兒童的支氣管鏡檢查比較安全，風險比較小。