纖維支氣管鏡檢查首先是進行術前準備，包括患者自身準備、器械準備、輔助檢查準備。完善后再進行檢查，患者首先要進行麻醉，可以是局麻噴利多卡因，給黏膜進行表麻；可以全麻，靜脈注射麻醉藥物，主要目的是減少患者刺激，減少患者在檢查過程中的不適感。 麻醉后患者平躺于檢查床，檢查過程當中支氣管鏡通過患者鼻腔或口腔。部分患者可能存在氣管切開或氣管插管，通過氣管切開套管或氣管插管進入氣管鏡，氣管鏡進入到患者氣道，包括左右主支氣管以及遠端小氣道，鏡下可以觀察氣道病變。針對氣道病變可以用活檢鉗取部分組織送檢，活檢病理或微生物檢查，可以給刷檢組織送檢。除此之外，還可以在支氣管進行肺泡灌洗，取到灌洗液送實驗室進行化驗，這些都是在氣管鏡下可以進行的一系列檢查，主要目的是給患者病變進行病理學以及病原學診斷。