淋病和非淋菌性尿道炎都可出現尿道不適的感覺，即泌尿生殖系統炎癥的癥狀。但相對淋病癥狀更嚴重，它可出現尿道口紅腫、流膿性分泌物、分泌物較多、尿痛感較明顯的癥狀。 在醫院就診進行涂片檢查，可以看到白細胞內外有革蘭氏陰性雙球菌，做PCR檢測可以檢測出淋球菌。非淋菌性尿道炎，即通常所說的支原體、衣原體感染，它的癥狀一般相對較輕，表現為尿道口有少量、黏液性分泌物，一般不會看到有明顯的、膿性分泌物。 且尿痛癥狀較輕，部分人甚至沒有尿痛的癥狀，只感覺尿道口分泌物有所增加，做涂片檢查看不到淋球菌，而做PCR的檢測一般查到的是支原體或者是衣原體。 另外，感染淋病一般在性接觸后，起病時間較短，一般三五天就會發病。非淋菌性尿道炎，在性接觸后，發病時間相對較長，長于一個星期。 通常在臨床上有時不太好絕對區分這兩種感染，并且這兩種感染可能會同時發生。所以臨床上看到尿道口有分泌物，都是同時做淋球菌和支原體、衣原體的檢測，甚至有時在檢測結果未出來之前，也會同時使用治療非淋菌性尿道炎的藥物。