通常非淋菌性尿道炎，臨床推薦治療時間為7天，多數患者均可獲得較好治療效果，但治療時需要夫妻雙方或性伴侶雙方同時治療，而且治療期間禁止性生活。臨床常用大環內酯類藥物，包括阿奇霉素、多西環素、紅霉素與羅紅霉素等，均可治療非淋菌性尿道炎，療程約7天。若經過7天治療后癥狀消失，也建議患者再進行復查，達到臨床治愈后再進行性生活。治愈標準為臨床癥狀消失1周以上且患者尿液澄清、尿道分泌物消失，尿沉渣鏡檢呈陰性，經過尿道試紙或女性宮頸刮片呈陰性，支原體、衣原體培養也呈陰性，同時需要滿足三條才可以認為非淋菌性尿道炎被治愈。