無痛腸鏡是在全麻下進行的檢查，由于麻醉下對病人心臟和肺等全身的影響，特別是對于高齡、有心臟、肺部疾病或者腦血管疾病的患者，檢查時心腦血管以及肺部疾病的風險會增加。另外做無痛腸鏡的時候，腹腔有多次手術及腹腔有粘連的患者做腸鏡檢查時，由于患者沒有痛覺，做腸鏡檢查時容易出現腸出血、腸穿孔的風險。如果在普通腸鏡下檢查，由于患者的疼痛可以提示醫師，會避免繼續進鏡，這樣可以避免腸道穿孔、出血。通常做無痛腸鏡以前，醫生會對患者進行全面的評估，如做心電圖檢查，還有麻醉師會對患者體型進行評估，考慮患者是否適合做無痛腸鏡，如果患者存在的風險比較高，麻醉師可能不建議做無痛腸鏡。