錯頜畸形的危害較多，首先牙齒不整齊可影響美觀，影響社交，影響兒童心理健康的發育和人生的自信態度，目前針對不同年齡段的人群可進行早期干預。錯頜畸形還易引起兜齒，如不及時解決可造成上頜骨發育不足，下頜骨發育過度，導致扁平臉或月牙形臉。還可影響頜骨發育，影響口腔功能造成咬頜紊亂，進而影響消化系統。錯頜畸形還可影響發音、牙齒修復治療可引發齲齒或牙周病。