錯頜畸形的病因從概念上已經有所體現，錯頜畸形的病因包括先天遺傳因素和后天環境因素。先天遺傳因素屬最基本因素，可以觀察到任何人身體上的部分性狀，包括牙齒大小、形態、位置排列，與其父輩有相像之處，這就是遺傳因素最基本的表現。但是錯頜畸形遺傳屬于多基因遺傳而不是單基因遺傳，要追究遺傳原因，很難確定哪幾個密碼子的問題。此外就是環境因素，后天環境因素中指疾病，部分屬于全身疾病或在母體中牙胚發育時期的部分疾病原因導致牙列發育異常，此外牙列已經長出之后部分替牙的障礙，或者是兒童口腔的不良習慣導致的替牙障礙，都是錯頜畸形常見的病因。