尖銳濕疣的好發部位是性行為接觸的部位，主要在生殖器和肛門周圍皮膚黏膜，具體來說男性的好發部位是龜頭、冠狀溝、陰莖、包皮、尿道口以及陰囊等部位，女性的好發部位是大小陰唇、陰道、陰道口、宮頸、會陰、尿道口和腹股溝等部位。同性戀群體的尖銳濕疣好發于肛門及直腸。尖銳濕疣還有一些少發的部位，例如乳房、腋窩、臍窩、口腔等。