在臨床上腸道間質瘤的表現并不典型，因為腹腔內有一個巨大空間，可以容納較多外來物質，所以一般早期病變較小時，腸道間質瘤無特異臨床表現，主要有以下癥狀： 1、腹部脹痛：當腫瘤長到一定程度或者位置較重要時，通常患者會表現為腹部脹痛，即隱約脹痛； 2、出血：當腫瘤發展到一定程度，由于中央缺血壞死以后，可以造成出血。出血量較小時可能有黑便，如果出血較多，患者可能有大量便血，即出鮮血； 3、腹膜炎：腸道在腫瘤發展時可以造成腸道穿孔，這種情況下會出現腹膜炎。這種診斷屬于被動診斷，需要手術探查時才能發現是否為間質瘤； 4、腸道梗阻：部分腫瘤長在系膜上，可以引起腸道梗阻，梗阻主要是與腫瘤的大小或者位置有關。部分患者出現腸梗阻就診時，最后發現有腸道間質瘤。