當發現胃腸道間質瘤，一般是通過胃鏡、腸鏡，還有腹部CT明確部位、性質，不同的部位，不同的地方，手術方式有所不同。但是對于能夠切除的胃腸間質瘤，首選手術切除的方式。對于發現無法切除或者是有轉移，或者是有周圍重要組織臟器浸潤的腫瘤，可以考慮口服靶向藥物的治療，使腫瘤達到緩解、縮小，再次考慮手術治療。 因為胃腸道腫瘤早期比較隱匿，可能發現是通過常規的體檢，通過不明原因的腹痛或者消化道出血、貧血做檢查發現。所以對于可以切除的胃腸道腫瘤，首選手術治療，對不能切除或者轉移的胃腸道腫瘤，考慮藥物的治療。但是對于不能切除的腫瘤，如果出現腸梗阻，出現嚴重的消化道出血，這種情況下也可能需要急診的手術，否則患者非常危險。