腸道間質瘤的癥狀通常包括胃腸道痙攣、疼痛。腸道稍細，所以腸道的間質瘤若長大，通常可能會造成梗阻或不完全梗阻的表現，即食物難以通過這一段腸道。且腸道間質瘤長大后，容易出現黏膜的破裂出血，這種破裂出血來自于腫瘤的破裂出血。若出血量大、速度快可能便血，若出血量少、速度慢，可能無法感覺或看到便血。但若長期失血，可能會導致貧血的表現。而胃由于胃腔較大，即便腫瘤較大，可能會影響消化功能，但是可能很少引起胃的梗阻性表現。在胃部的間質瘤，可能會引起消化不良，通常進食后出現上腹飽脹感及不適感，為胃間質瘤的表現。所以來自于胃和來自于腸道的間質瘤，大小上對人體造成的癥狀表現不同。