身材矮小的治療要根據引起身材矮小的病因，如果與生長激素有關，比如生長激素缺乏，就要用生長激素替代來促進身高的增長；但如果是因為顱內腫瘤造成，首先要通過手術、化療、放療來治療原發病；如果病人是甲狀腺功能減退引起，就要用甲狀腺激素來替代； 另外還有特殊情況，比如其他基礎性疾病、消耗性疾病、營養不良，要積極治療原發病，同時增加營養；有的是體質性、青春期發育延遲，可以不需要干預，進行觀察。 在治療當中，除關注身高，還要關注青春期的發育。所以青春期孩子如果不發育，排除其它性器官或者遺傳性疾病，會運用促性腺激素來促進第二性征發育和性器官發育。