小兒腎活檢出現的并發癥分為常見和罕見兩種。常見的并發癥有血尿、鏡下血尿、血腫，還有腰痛、腹痛。鏡下血尿的發生率小于10%，肉眼血尿的發生率小于3%。血尿的出現一般在1-3天內消失，血腫主要出現在腎周和腰背部，腰痛、腹痛在短期內也可以緩解。第二類是比較罕見的并發癥，有腎動靜脈瘺、腎大血管的破裂，還有損傷肝臟、脾臟、腸管等臟器，還有造成腎臟的感染。